Jar를 사용하면 항상 내장 서버(톰캣등)를 사용하고, webapp 경로도 사용하지 않습니다. 내장 서버 사용에 최적화 되어 있는 기능입니다. 최근에는 주로 이 방식을 사용합니다. War를 사용하면 내장 서버도 사용가능 하지만, 주로 외부 서버에 배포하는 목적으로 사용합니다.